Masalah dalam industri perikanan laut dalam di Malaysia termasuk :-

• Pencerobohan oleh nelayan asing. Kekerapan berlakunya pencerobohan oleh nelayan asing samada berdaftar atau tidak berdaftar bukan sahaja menjejaskan pendapatan nelayan tempatan tetapi juga mengancam keselamatan mereka.[1],
• Penjualan ikan dipelabuhan asing. Terdapat penjenayah yang menggunakan kemudahan yang diberikan oleh kerajaan, seperti subsidi minyak dan bot, sebaliknya menjual tangkapan mereka di pelabuhan asing. Ini menjejaskan perkembangan industri hiliran seperti pemprosesan, pengangkutan, dan pemasaran terutama dikalangan peniaga kecil yang terpaksa membeli ikan import.
• Kekurangan pekerja
• Stok ikan yang terjejas akibat dicuri oleh nelayan asing. [2]
• Kemusnahan hutan paya bakau yang menjadi tempat penetasan dan tumbesaran anak-anak ikan, menjejaskan stok ikan masa hadapan.
• Tindakan rakus sesetengah nelayan yang menyalahgunakan pukat mata halus kerana ingin keuntung cepat, yang mengakibatkan terhapusnya ikan muda dan anak-anak ikan. Tindakan akal pendek ini menjejaskan stok ikan masa hadapan.[3]
• Kekurangan modal akibat keperluan modal awal yang tinggi, risiko tinggi, dan cuaca yang tidak menentu menyebabkan syarat pinjaman yang ketat.